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Tabla del software empleado en el curso de bioinformática

Programa	URL	Plataformas	Notas de instalación
ActivePerl Community Edition (Perl 5.20)	http://www.activestate.com/activeperl	Windows Linux (opcional) Mac OS X (opcional)	Descargar la versión Community Edition (libre) No es obligatorio para sistemas Linux o OS X ya que ellos Perl viene preconfigurado.
Antheprot	http://antheprot-pbil.ibcp.fr/	Windows	Puede operar en Linux y en Mac OS X mediante wine/wineskin
ART	http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/	Windows Linux Mac OS X
BioEdit	http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html	Windows	Puede operar en Linux y en Mac OS X mediante wine/wineskin
BLAST+	http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download	Windows Linux Mac OS X	Versiones standalone de BLAST
Bowtie2	http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml	Windows Linux Mac OS X
Chimera	http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/	Windows Linux Mac OS X	Requiere registro en línea para descarga gratuita
Clustal  2.0	http://www.clustal.org/clustal2/	Windows Linux Mac OS X	Windows Linux Mac OS X
Clustal Omega	http://www.clustal.org/omega/	Windows Linux Mac OS X
Cluster	http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/	Windows Linux Mac OS X
CygWin	http://cytoscape.org/	Windows Linux Mac OS X	Requiere instalación previa de Java
EMBOSS	http://emboss.sourceforge.net/ (página del proyecto)  ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/ (Linux y Mac OS X) ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/windows/ (Windows)	Windows Linux Mac OS X	Las versiones Linux y Mac OS X se descargan como código fuente y deben compilarse para generar las aplicaciones ejecutables. La versión para Windows instala las versiones ejecutables de los programas.
FigTree	http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/	Windows Linux Mac OS X	Requiere instalación previa de Java
Filezilla	https://filezilla-project.org/	Windows Linux Mac OS X	Solo se requiere descargar la aplicación Cliente
Genedoc	http://biomedbiotec.encb.ipn.mx/bioinformatica/datos/Anucleicos/Windows/gd322700.exe	Windows	Puede operar en Linux y en Mac OS X mediante wine/wineskin
GhostView GhostScript	http://pages.cs.wisc.edu/~ghost/	Windows	Se deben instalar ambas aplicaciones. No son necesarios en Linux ni en Mac OS X
Glimmer	https://ccb.jhu.edu/software/glimmer/	Linux Mac OS X	Se distribuye como código fuente por lo que requiere compilación para generar las aplicaciones. En Windows puede instalarse mediante CygWin
HMMEditor 1.2	http://sysbio.rnet.missouri.edu/multicom_toolbox/tools.html	Windows Linux Mac OS X	Requiere instalación previa Java Se debe efectuar el registro y descargar el paquete HMMVE_1.2.tar.gz
HMMER3	http://hmmer.janelia.org/	Linux Mac OS X	En Windows puede instalarse mediante CygWin
Java TreeView	http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/software.htm	Windows Linux Mac OS X	Requiere instalación previa de Java
JModelTest	https://code.google.com/p/jmodeltest2/	Windows Linux Mac OS X	Requiere instalación previa de Java
Jmol	http://jmol.sourceforge.net/index.es.html	Windows Linux Mac OS X	Requiere instalación previa de Java
Komodo Edit	http://komodoide.com/komodo-edit/	Windows Linux Mac OS X
MAUVE	http://darlinglab.org/mauve/mauve.html	Windows Linux Mac OS X	Requiere instalación previa de Java
MEGA	http://www.megasoftware.net/	Windows Mac OS X	Puede operar en Linux Xmediante wine/wineskin Alternativamente, para Linux se puede instalar la versión MEGA-CC (versión 7)
Modeller	https://salilab.org/modeller/	Windows Linux Mac OS X	Requiere registro para obtener licencia. En Linux seguir las instrucciones mostradas después de la instalación para introducir la licencia.
MrBayes	http://mrbayes.sourceforge.net/	Windows Linux Mac OS X	Para Windows y Mac OS X se distribuyen ejecutables Para Linux se proporciona código fuente (requiere compilación)
MUMer 3.0	http://mummer.sourceforge.net/	Linux Mac OS X	Se distribuye como código fuente. Requiere compilación En Windows puede instalarse en CygWin
NAMD	http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/	Windows Linux Mac OS X	Requiere registro en línea para descarga gratuita
OligoWiz	http://www.cbs.dtu.dk/services/OligoWiz/	Windows Linux Mac OS X	Requiere instalación previa de Java
Phylip	http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html	Windows Linux Mac OS X
R	http://www.r-project.org/	Windows Linux Mac OS X	Para Mac OS X y Windows descargar los instaladores correspondientes. Para Linux opcionalmente se pude instalar automáticamente con aplicaciones como yum ó apt-get.
RNAstructure	http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructure.html	Windows Linux Mac OS X	Requiere registro en línea para descarga gratuita
RNAviz	http://rnaviz.sourceforge.net/	Windows Linux Mac OS X
ScanAlyze	http://www.eisenlab.org/eisen/?page_id=41	Windows	Puede operar en Linux y en Mac OS X mediante wine/wineskin
Unipro Ugene	http://ugene.unipro.ru/download.html	Windows Linux Mac OS X	Descargar la versión completa (Full package installer)
Velvet	https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/	Linux Mac OS X	Se distribuye como código fuente. Requiere Compilación. El empleo de algunas utilidades (como VelvetOptimiser) requieren la instalación de BioPerl. En Windows puede emplearse desde CygWin
VISTA	http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml	Linux Mac OS X	Requiere instalación de MySQL server
VMD	http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/	Windows Linux Mac OS X	Requiere registro en línea para descarga gratuita
WebACT	http://www.webact.org/	Windows Linux Mac OS X	Requiere instalación previa de Java

Actualización:agosto 2015

Dirección: Escuela Nacional de Ciencias Biológicas-Instituto Politécnico Nacional Prolongación de Carpio y Plan de Ayala s/n Col Plutarco Elias Calles 11340 México D.F.

Administrador: Dr. Alfonso Méndez Tenorio email: amendezt@ipn.mx