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Cursos de bioinformática (horarios para el semestre agosto-diciembre 2024).

Bioinformática: Computación aplicada a la biología molecular:
Horario: lunes 12-15 hrs, jueves 9-13 hrs

Es un curso básico, teórico-práctico en el que se abordan tanto los aspectos biológicos involucrados en el análisis bioinformático, como los fundamentos de los algoritmos en los que se basan las técnicas más utilizadas en esta área. Si bien no se profundiza en los aspectos técnicos o matemáticos de los programas, se da un especial interés en la interpretación y evaluación de la confiabilidad de los resultados. Para ello se asume que el alumno tiene preparación básica en bioquímica y biología molecular y es deseable que tenga conocimientos de estadística. También se asume que el alumno maneja aspectos básicos de computación, en particular sobre el uso del sistema operativo Windows, la manipulación de archivos y la ejecución de programas. El curso no esta enfocado a la programación, sin embargo tener algún conocimiento de programación en algún lenguaje como Python o R le permitiría al alumno explotar aún más las herramientas del curso.

Durante las sesiones prácticas se utilizan las bases de datos y programas de cómputo más importantes en el área de bioinformática y se abarcan aspectos tales como el alineamiento de secuencias, búsquedas en bases de datos, elaboración de árboles filogenéticos, y la predicción de la estructura de proteínas y ácidos nucleicos.

Bioinformática avanzada:
Horario: martes y viernes 11-15 hrs

Es un curso teórico-práctico que tiene como objetivo que los alumnos conozcan y apliquen técnicas avanzadas para el manejo de grandes volúmenes de datos de genómica, transcriptómica, metagenómica, filogenómica y proteómica. Dichas herramientas se utilizan en la actualidad para el tratamiento de información biológica compleja, como lo son los datos de secuenciación masiva de nueva generación, el análisis de genomas completos, los datos de expresión obtenidos mediante microarreglos y la secuenciación RNA-Seq, filogenómica, metagenómica y predicción de la estructura e interacción de biomoléculas.

Durante el curso el alumno aprenderá los fundamentos de la programación en los lenguajes Python y R, que son los más utilizados actualmente en bioinformática. Mediante estas herramientas el alumno aplicará técnicas para el análisis exploratorio de grandes volúmenes de datos y para la automatización de tareas. Posteriormente se aprenderán y aplicarán las técnicas para realizar el ensamblado de genomas a partir de datos de Secuenciación de Nueva Generación, así como la anotación y la comparación de genomas. Asimismo se aplicarán las técnicas para el análisis de expresión de datos obtenidos mediante Microarreglos y RNA-Seq, así como el análisis de datos de Metagenómica. Se aprenderán y utilizarán técnicas bioinformáticas el análisis filogenómico de completos de procariontes y eucariontes. Se conocerán y aplicarán las técnicas computacionales para modelar estructuras de biomoléculas y sus interacciones mediante técnicas de dinámica molecular y docking.

Lugar:Ambos cursos se imparten en el aula de Bioinformática, Departamento de Bioquímica ( ENCB, Santo Tomás), tercer piso

Dirección: Escuela Nacional de Ciencias Biológicas-Instituto Politécnico Nacional Prolongación de Carpio y Plan de Ayala s/n Col Plutarco Elias Calles 11340 México D.F.

Administrador: Dr. Alfonso Méndez Tenorio email: amendezt@ipn.mx