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Servidores y programas para el alineamiento múltiple de secuencias

Base de datos	Dirección de Internet	Descripción
Herramientas MSA del EBI	https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/	Herramientas de alineamiento múltiple en el EBI (Kalign, Muscle, MAFFT, T-Coffee, webPRANK, Clustal omega)
Herramientas de DIALING del GOBICS	http://dialign.gobics.de/	Göttingen Bioinformatics Compute Server (GOBICS). Incluye Anchored DIALIGN (DIALIGN2), CHAOS-DIALIGN, DIALIGN-TX, DIALIGN-PFAM
Multalin server	http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/	Herramienta para alineamiento múltiple mediante métodos reiterativos
Parallel PRRN server	https://www.genome.jp/tools-bin/prrn	Herramienta para MSA de cómputo distribuido del Servidor GenomeNet del Kyoto University Bioinformatics Center.
Servidor T-COFFEE	http://tcoffee.crg.cat/	Servidor T-Coffee del Centre for Genomic Regulation. Es un método eficiente de alineamiento guiado por una función de consistencia
WebLogo2	http://weblogo.berkeley.edu/	Servidor para la elaboración de logos de alineamientos múltiples de secuencias.
Praline Server	http://www.ibi.vu.nl/programs/pralinewww/	Servidor para el cálculo y optimización de alineamientos múltiples, utilizando información de homología, estructura secundaria y estructura de proteínas transmembranales.
HMMER	http://hmmer.org/	Herramientas de Modelos Ocultos de Markov para el trabajo con perfiles de alineamientos de secuencias de nucleótidos y proteínas
NPS@ server	https://npsa-prabi.ibcp.fr	Colección de herramientas para el an´lisis de proteínas del PRABI Rhône-Alpes Bioinformatics Center (Pôle Bioinformatique Lyonnnais Gerland). Incluye diversas herramientas para el alinamiento múltiple de secuencias
Unipro-Ugene	http://ugene.net/	Herramienta con una amplia diversidad de herramientas para el an´lisis de secuencias. Es un programa multiplataforma (Windows, Linux, Mac OS X). Open source. Implementa algoritmos eficientes para el MSA.
Seaview msa editor	http://doua.prabi.fr/software/seaview	Programa para la edicióon y análisis de alineamientos múltiples de secuencias. Es una aplicación multiplataforma (Windows, Linux y Mac OSX)
GUIDANCE2 Server	http://guidance.tau.ac.il/	Servidor para la evaluación de alineamientos múltiples de secuencias basado en un método integral que evalú diversos aspectos que afectan la calidad de los alineamientos (ref)
Zorro (probabilistic alignment masking)	https://phylogenomics.me/software/zorro/	Programa para la evaluación de alineamientos múltiples de acuerdo a su consistencia con un árbol filogenético. Puede instalarse con Bioconda.

Nota 1: Última actualización en septiembre de 2019

Dirección: Escuela Nacional de Ciencias Biológicas-Instituto Politécnico Nacional Prolongación de Carpio y Plan de Ayala s/n Col Plutarco Elias Calles 11340 México D.F.

Administrador: Dr. Alfonso Méndez Tenorio email: amendezt@ipn.mx