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TITULO DE LA TABLA

Base de datos	Dirección de Internet	Descripción
BLAST	http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi	Basic Local Alignment Search Tool. Aplicación del NCBI para buscar secuencias similares en bases de datos de secuencias de nucleótidos y de aminoácidos.
Servidor Sequence Similarity Searching	http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/	Servidor para la búsqueda de similitudes de secuencias del EMBL-EBI. Permite el acceso a las herramientas de búsqueda de similitudes más importantes:  NCBI-BLAST, WU-BLAST, PSI-BLAST, FASTA, SSEARCH, PSI-SEARCH, GG-SEARCH, GL-SEARCH y FASTM/S/F
ENA SEQUENCE SEARCH	http://www.ebi.ac.uk/ena/search/#Search	Herramienta de búsqueda de secuencias del European Nucleotide Archive (ENA) del EBI. De acuerdo con la información del EBI, esta herramienta es considerablemente más rápida que el BLAST del NCBI.
SIM4	http://pbil.univ-lyon1.fr/sim4.php	Es un programa para alinear ESTs, mRNAs o cDNAs a secuencias de DNA genómicas.Utiliza una estrategia similar a BLAST, en la que se busca localizar los extremos en los que coinciden los ESTs con el DNA genómico, con lo cual se deducen las posiciones de los exones y los intrones.
BLAT  UCSC	http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start	BLAT es una herramienta para buscar rápidamente secuencias de DNA con similitudes y longitudes mayores al 95% y 25pb respectivamente y para secuencias de proteínas con similitudes y longitudes mayores al 80% y 20 residuos respectivamente. Es más rápido que BLAST pero no es apropiado para secuencias que presentan  alto grado de divergencia.
Bowtie	http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml	Es un programa ultrarápido para el alineamiento de secuencias cortas de DNA (short-reads) con genomas.  Es considerablamente más rápido que BLAST y se basa en la previa elaboración de un índice de Burrows-Wheeler del genoma de interés.
AB-BLAST	http://blast.advbiocomp.com/	Herramienta BLAST de Advanced Biocomputing, LLC. Es más rápido y sensible que el BLAST del NCBI. Anteriormente fué conocido como WU-BLAST. Su uso requiere la adquisición de una licencia.
OMSSA	http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/omssa/index.htm	Open Mass Spectrometry Search Algorithm [OMSSA]: Es una herramienta del NCBI para identificar proteínas a partir de espectros MS/MS de péptidos. OMSSA utiliza la misma estadística empleada en BLAST para identificar resultados significativos durante esta búsqueda.

Nota 1: Actualizada el 27 de enero de 2012

Dirección: Escuela Nacional de Ciencias Biológicas-Instituto Politécnico Nacional Prolongación de Carpio y Plan de Ayala s/n Col Plutarco Elias Calles 11340 México D.F.

Administrador: Dr. Alfonso Méndez Tenorio email: amendezt@ipn.mx