Programas para el alineamiento múltiple de secuencias.

Herramienta	Dirección de Internet	Descripción
Herramientas MSA del EBI	https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/	Herramientas de alineamiento múltiple en el EBI (Kalign, Muscle, MAFFT, T-Coffee, webPRANK, Clustal omega)
Herramientas de DIALING en GOBICS	http://dialign.gobics.de/	Göttingen Bioinformatics Compute Server (GOBICS). Incluye Anchored DIALIGN (DIALIGN2), CHAOS-DIALIGN, DIALIGN-TX, DIALIGN-PFAM
Mulalin	http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/	Herramienta para alineamiento múltiple mediante métodos reiterativos
Parallel PRRN	https://www.genome.jp/tools-bin/prrn	Servidor GenomeNet del Kyoto University Bioinformatics Center. Implementa una versión de Parallel PRRN
MultAlin	http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/	Alineamiento múltiple mediante métodos reiterativos.
Servidor T-COFFEE	http://tcoffee.crg.cat/	Servidor T-Coffee del Centre for Genomic Regulation. Es un método de alineamiento guiado por una función de consistencia.
WebLogo	http://weblogo.berkeley.edu/	Servidor para la creación de logos a partir de alineamientos múltiples de secuencias.
Praline	http://www.ibi.vu.nl/programs/pralinewww/	Servidor para el cálculo y optimización de alineamientos múltiples, utilizando información de homología, estructura secundaria y estructura de proteínas transmembranales.
HMMER	http://hmmer.org/	Método estadístico que utiliza los Modelos Ocultos de Markov para construir patrones de alineamiento y alinear secuencias con respecto a los patrones. (Una versión para Windows se incluye en el CD).
Pôle Bioinformatique Lyonnnais Gerland	https://npsa-prabi.ibcp.fr	Colección de herramientas para el análisis de proteínas del PRABI Rhône-Alpes Bioinformatics Center. Incluye diversas herramientas para el alinamiento múltiple de secuencias.
Unipro-Ugene	http://ugene.net/	Herramienta con una amplia diversidad de herramientas para el análisis de secuencias. Es un programa multiplataforma (Windows, Linux, Mac OS X). Open source. Implementa algoritmos eficientes para el MSA.