| Herramienta | Dirección de Internet | Descripción |
| GeneMark | http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/ | Herramientas para la predicción de genes en procariontes y eucariontes. |
| Genomescan | http://genes.mit.edu/genomescan/ | Herramientas para identificar estructura intrón-exón de genes para secuencias humanas y de varios organismos, especialmente vertebrados. |
| GrailEXP | http://grail.lsd.ornl.gov/grailexp/ | Programa para la predicción de exone, genes, promotores, regions Poly A, islas CpG, similitudes con ESTs y elementos repretitivos en secuencias de DNA genómico. |
| GENSCAN | http://genes.mit.edu/GENSCAN.html | Programa para la predicción de uniones intrón-exón para secuencias genómicas de diferentes organismos. |
| ORF finder | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html | Herramienta del NCBI para la localización de marcos de lectura abierta. |
| Softberry | http://www.softberry.com/berry.phtml | Colección de herramientas para el análisis de secuencias. Contiene varios programas para la localización de secuencias de control y la predicción de genes. |