| Herramienta | Dirección de Internet | Descripción |
| Phylip | http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html | Colección de links para una gran variedad de programas para análisis filogenético recopilada por Felsenstein. |
| Phylip-Bioweb | http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/phylogeny/phylip-uk.html | Implementación WEB de la colección de programas del paquete Phylip |
| La página de taxonomía del NCBI | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/ | Página del NCBI dedicada a la clasificación taxonómica de los organismos de los cuales se dispone secuencias depositadas en el NCBI. |
| TIGR Tree of life | http://www.tigr.org/tol/links.shtml | Página del TIGR dedidaca a la clasificación taxonómica de los organismos basada en los genomas completos. |
| UniProt Taxonomy Browser (NEWT) | http://www.ebi.ac.uk/newt/display | Base de datos mantenida por UniProt que relaciona la clasificación taxonómica de los organismos con la base de datos UniProt |
| The tree of life WEB project | http://tolweb.org/tree/phylogeny.html | Proyecto para la creación de un árbol filogenético de todos los organismos conocidos en el planeta |
| The Ribosomal Database Project (RDP) | http://www.wdcm.nig.ac.jp/RDP/html/index.html | Base de datos especializada en la recolección de secuencias de rRNA y la elaboración de áboles filogenéticos derivados de sus alineamientos |
| Laboratory of Masatoshi Nei | http://www.bio.psu.edu/People/Faculty/Nei/Lab/Programs.html | Página del laboratorio del Dr. Nei, prestigioso filogenetista. La página contiene links a varios programas distribuidos por el prupo de trabajo del Dr. Nei. |
| Laboratory of Evolutionary Functional Genomics | http://www.kumarlab.net/ | Página del laboratorio del Dr. Sudhir Kumar, prestigioso filogenetista. La página contiene links a varios programas y artículos importantes para diversos tipos de análisis filogenéticos. |