| Herramienta | Dirección de Internet | Descripción |
| JPRED | http://www.compbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/ | Predicción de estructura secundaria de proteínas basado en la creación de un consenso a partir de alineamientos de proteínas homólogas de estructura conocida. |
| PDB2MultiGIF | http://www.glycosciences.de/modeling/pdb2mgif/ | Creación de archivos GIF animados a partir de estructuras en formato PDB. |
| PredictProtein | http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html |
Servidor con múltiples herramientas para la predicción de estructura de proteínas. |
| SCOP | http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ | Base de datos de clasificación estructural de proteínas. Es una herramienta conveniente para el estudio de familias de proteínas que han sido caracterizadas estructuralmente. |
| ANTHEPROT | http://antheprot-pbil.ibcp.fr/ | Programa con varias funciones para el análisis de secuencias de proteínas. (se incluye una versión de este programa en el CD). |
| Pôle Bioinformatique Lyonnnais Gerland | http://pbil.ibcp.fr/html/pbil_index.html | Colección de herramientas para el análisis y predicción estructural de proteínas. |
SWISS-MODEL |
http://swissmodel.expasy.org/ | Servidor automatizado para la predicción de estructura tridimensional de proteínas. |
| PSIPRED, GenTHREADERy MEMSAT2 | http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred | Servidor muy eficiente con diferentes herramientas para la predicción de estructura secundaria y terciaria de proteínas globulares y de la topología de proteínas transmembranales. |
| HMMSTR, SCALI | http://www.bioinfo.rpi.edu/~bystrc/ | Programas para la predicción de estructura tridimensional de proteínas empleando el método de Rosetta. |
| Robetta | http://robetta.bakerlab.org/ | Programa para la predicción ab-initio de la estructura de proteínas. |
| ExPASy | http://ca.expasy.org/ | El servidor ExPASy contiene una amplia variedad de herramientas para el análisis de secuencias de proteínas. |