| Herramienta | Dirección de Internet | Descripción |
| mFOLD | http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/mfold/ | Colección de programas para la predicción de estructura secundaria de moléculas de DNA y RNA basado en el modelo termodinámico del vecino más cercano. |
| RNA analysis | http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/rna/intro-uk.html | Colección de herramientas del Instituto Pasteur para el análisis de estructura de ácidos nucleicos. Incluye el paquete Vienna y mFold. |
| RNA World | http://www.imb-jena.de/RNA.html | Colección de links a bases de datos y software relacionados con el estudio de ácidos nucleicos. |
| Thermodynamic Database for Nucleic Acids (NTDB). | http://ntdb.chem.cuhk.edu.hk/ | Base de datos con una colección de datos termodinámicos y estructurales para moléculas de ácidos nucleicos. |
| ProTherm database | http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/Protherm/protherm.html | Base de datos de parámetros termodinámicos importantes para proteínas y ácidos nucleicos. Incluye datos para interacciones entre estas moléculas y una gran diversidad de datos relevantes. |