| Herramienta | Dirección de Internet | Descripción |
| EMBOSS | http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/EMBOSS/index.html http://148.204.162.9/emboss |
Gran colección de herramientas para el análisis de secuencias. Los programas Needle y Water llevan a cabo alineamientos globales y locales respectivamente. |
| BLAST 2 sequences | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/wblast2.cgi | Herramienta para el alineamiento local de 2 secuencias utilizando el algoritmo BLAST. |
| LAlign | http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?rm=lalign&pgm=lald | Lalign es un componente de la libreria de programas FASTA que lleva a cabo alineamientos locales de secuencias de nucleótidos o de proteínas. |
| BCM Search Launcher | http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-search/alignment.html | Colección de herramientas para el alineamiento de pares de secuencias del Baylor College of Medicine. |
| SIM | http://ca.expasy.org/tools/sim.html | Programa para el alineamiento local de secuencias de DNA y proteínas del Swiss Institute of Bioinformatics. |
| BioEdit | http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html | Editor de secuencias que reúne una gran cantidad de herramientas para el análisis. |