| Programa | Dirección URL (para la actualización) | Descirpción |
| Antheprot 2000 V6.0 release 1.1.54 | http://antheprot-pbil.ibcp.fr | Herramienta para el análisis de proteínas. |
| BioEdit 7.0.9 | http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html | Programa que contiene múltiples herramientas para el análisis de secuencias biológicas. |
| Blast 2.2.21 ia32 win32 |
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/ | Versión “standalone” del programa BLAST para la búsqueda en bases de datos. |
| Chroma | http://www.lg.ndirect.co.uk/chroma/ (descontinuado) |
Programa para la edición de alineamientos múltiples de secuencias. |
| Cinema 5.021 beta | http://aig.cs.man.ac.uk/research/utopia/utopia.php | Programa para la edición de alineamientos múltiples. |
| Clustalw 2.0.11 | ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW/ http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/ |
Programa para calcular alineamientos múltiples. Versión con interfaz en modo textual (Para DOS y XP). |
| Clustalx 2.0.11 | ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/ http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/ |
Programa para calcular alineamientos múltiples. Versión con interfaz gráfica para Windows. |
| Cn3D 4.1 | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml | Programa para la modelación de estructuras de biomoléculas. |
| DAMBE 5.0.86 para Windows XP DAMBE 5.0.86 para Windows Vista |
http://dambe.bio.uottawa.ca/dambe.asp | Programa para el análisis de datos en Biología Molecular y Evolución. |
| DeepView 4.0.1 | http://ca.expasy.org/spdbv/ | Visor de estructuras de SwissProt. Programa avanzado para mostrar archivos PDB y llevar a cabo alineamiento estructural. |
| DnaSP 4.20.2 | http://www.ub.es/dnasp | Programa para estudiar polimorfismos de datos de secuencias de DNA para estudios de genética de poblaciones y evolución molecular. |
| DSSP | http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ | Programa diseñado por Wolfgang Kabsch y Chris Sander para estandarizar la asignación de estructura secundaria a partir de coordenadas 3D. |
| Fasta 35.4.7 | http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_down.shtml ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/fasta/ |
Versión “standalone” de la suite de programas FASTA. |
|
Geneious
3.5.6 |
http://www.geneious.com/ | Programa con varias herramientas para el análisis y edición de secuencias biológicas. |
| GeneDoc 2.7 (32-bits) | http://www.nrbsc.org/downloads/ | Programa para la edición de alineamientos múltiples. |
| HMMER 2.3.2 | http://hmmer.janelia.org/ | Conjunto de programas para la creación de modelos ocultos de Markov. Incluye varias herramientas para el análisis de secuencias, entre ellas herramientas para el alineamiento múltiple. Versión compilada para Windows. |
| Jalview editor versión 2.2.1 | http://www.jalview.org/Web_Installers/install.htm | Programa para editar alineamientos múltiples de secuencias |
| jModelTest | http://darwin.uvigo.es/ | Es un nuevo programa para la seleccion de un modelo filogenético empleando Phyml. Implementa los métodos hLRTs, dLRTs, AIC, BIC y DT methods (10 Abril 2008). |
| Macawz | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/schuler/macaw/ | Programa para el alineamiento de secuencias mediante bloques de similitud localizada. |
| Mage Display 6.44 | http://kinemage.biochem.duke.edu/software/ | Programa para visualizar imágenes de moléculas ( “kinameges” ). |
| MDL-Chime 26 SP7 | http://www.symyx.com |
Plug-in para Netscape o IE para mostrar moléculas en 2D y 3D. |
| MEGA 4.0 | http://www.megasoftware.net/ | Programa para análisis filogenético. |
| Melting4.3b | http://www.ebi.ac.uk/~lenov/meltinghome.html | Programa para analizar la estabilidad de moléculas de ácidos nucleicos. |
| mEMBOSS 6.1.0.1 (EMBOSS para Windows) | http://emboss.sourceforge.net ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/windows/ | Colección de programas para llevar a cabo una amplia variedad de análisis de secuencias |
| Microarrays Einsen | http://rana.lbl.gov/ | Conjunto de herramientas del Lawrence Berkeley National Lab para el análisis de datos de microarreglos. |
| MODELLER 9v7 | http://www.salilab.org/modeller/modeller.html | Programa para modelación por homología de estructuras tridimensionales de proteínas. |
| MODELTEST 3.7 Y MrMTGUI | http://darwin.uvigo.es/software/modeltest.html http://www.genedrift.org/mtgui.php |
Programa para la selección del modelo de substitución de nucleótidos que mejor se ajusta a un conjunto de datos. MTGUI es una versión del mismo que incluye una interfaz gráfica. |
| Molecular BioComputing Suite | http://www.biotechniques.com/ (requiere subscripción a la revista) |
Complemento de Word para el análisis y manipulación de secuencias biológicas. |
| MrBayes 3.1.2 | http://mrbayes.csit.fsu.edu/download.php | Programa para la estimación bayesiana de filogenía |
| NetBlast 2.2.21. ai32 win32 | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/ | Este programa es una versión cliente del Blast del NCBI con algunas propiedades importantes para someter la búsqueda de gran número de secuencias, que no son proporcionadas por la versón WEB de Blast. |
| OligoArray 2.1 y OligoArrayAux 3.7 | http://berry.engin.umich.edu/ | OligoArray permite el diseño de sondas de ácidos nucleicos para microarreglos empleados en estudios de expresión diferencial. OligoArrayAux es una extensión del programa mFold de M. Zuker empleada para la predicción de estructura secundaria de acidos nucleicos, empleada por el programa OligoArray durante el diseño de sondas. |
| PAML 4.3 | http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html | Programa para calcular árboles filogenéticos por el métodos de la máxima probabilidad (verosimilitud) |
| PAUP 4.0 | http://paup.csit.fsu.edu/ http://paup.csit.fsu.edu/win.html | Programa para análisis filogenético. Esta es una versión de prueba. Expira a los 6 meses de su instalación. La versión completa es comercial. |
| Phylip 3.68 | http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html | Colección de programas para análisis filogenético |
| ProAlign 0.5a3 | http://ueg.ulb.ac.be/ProAlign/ | Programa para el alineamiento múltiple de secuencias mediante Modelos Ocultos de Markov |
| Probe 2.12 | http://kinemage.biochem.duke.edu/software/index.php | Programa
para evaluar el empaquetamiento atómico ya sea dentro o entre
molécuas. <Permite generar diagramas de puntos de contacto
estrecho entre atomos. |
| Procheck v3.5.4 | http://www.biochem.ucl.ac.uk/~roman/procheck/procheck.html | Programa para verificar la calidad estereoquímica de la estructura de una proteína |
| PubMed 3D Chem Viewer | http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc3d/ | Programa para la visualización de moléculas. Especialmente moléculas pequeñas. Se utiliza para visualizar moléculas de la base de datos PubChem compound del NCBI |
| Pymol 1.1 | http://www.pymol.org/ | Programa para la visualización molecular, con capacidades similares a las de RasMol |
| RasMol 2.7.5 | http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index2.htm | Programa para la modelación de estructuras de biomoléculas. |
| ReadSeq 2.1.24 | http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/readseq/java/ | Programa para la conversión de formatos de secuencias. Esta versión requiere Java 2 para su funcionamiento. |
| Reduce 3.13 | http://kinemage.biochem.duke.edu/software/index.php | Programa para adicionar hidrógenos a archivos de estructuras de proteínas PDB. |
| RevTrans 1.4 | http://www.cbs.dtu.dk/services/RevTrans/ | Programa para alinear secuencias de DNA codificantes, traduciendolas primero a proteínas. Requiere el lenguaje Pyton |
| RNA draw | http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/ibmpc/rnadraw-readme.html | Programa para calcular y dibujar estructuras secundarias de ácidos nucleicos. |
| RNAstructure 4.6 | http://rna.chem.rochester.edu/ | Programa para predicción de estructura secundaria de moléculas de RNA y DNA |
| Seaview 4.1 | http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html | Editor de archivos de alineamiento múltiple de secuencias. |
| SeqVerter 2.0.4.3 | http://www.genestudio.com/seqverter.htm | Programa para la conversión de formatos de secuencias. |
| Staden Package 1.7.0 | http://staden.sourceforge.net/ | Suite de programas para el análisis de datos de secuenciación de ácidos nucleicos. |
| Stride | ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/dos/stride/ | Programa para extraer información de estructura secundaria a partir de archivos PDB. |
| SymyxDraw 3.2 | http://www.symyx.com | Programa para la escritura de fórmulas de química orgánica, permite relacionar fórmulas con modelos moleculares. Es la versión sucesora del programa Isis Draw. |
| TreeView 1.6.6 | http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html | Programa para la visualización de árboles filogenéticos. |
| UTOPIA | http://utopia.cs.manchester.ac.uk | Colección de herramientas interactivas para analizar secuencia y estructura |