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Horarios de los cursos presenciales (semestre enero a julio de 2024)
Bioinformática: Computación aplicada a la biología molecular:
Horario: Lunes 12-15 hrs, Jueves 9-13 hrs
Bioinformática avanzada:
Horario: Martes y Viernes 11-15 hrs
Lugar: Aula de Bioinformática, Departamento de Bioquímica (ENCB), tercer piso
Antedecentes: Historia y propósito del curso.
En el año 2001 se anunció la culminación del proceso de secuenciación más ambicioso que se había propuesto hasta ese entonces: La secuenciación del genoma humano. Esta fue lograda por dos grupos de investigadores independientes: Un consorcio público y uno comercial. Además de los desafíos experimentales que se resolvieron para lograr esta hazaña en el ámbito científico, quedaba claro desde entonces que la única forma de poder explotar toda la información contenida en los aproximadamente 3,500 millones de pares de nucleótidos del genoma humano, o en los genomas de otros organismos, era mediante el empleo de técnicas informáticas.
Aunque muchas de estas técnicas eran ya conocidas desde aproximadamente 30 años atrás, no habían cobrado tanta relevancia debido al número relativamente escaso de datos de secuencias biológicas disponibles en aquel entonces. No obstante en la actualidad la enorme cantidad de estos datos y que se encuentran depositados en las bases biológicas, (provenientes en gran medida de los proyectos de secuenciación de los genomas de diversos organismos) ha impactado y revolucionado los métodos de investigación en el área biológica. De este modo, hoy en día la consulta de bases biológicas y el análisis bioinformático de los datos moleculares son indispensables durante todas las etapas de la investigación que se lleva a cabo rutinariamente en esta ciencia.
A consecuencia de este interés, se ha incrementado también el número de aplicaciones computacionales para esta área. Sin embargo con frecuencia existen deficiencias sobre la correcta interpretación de resultados y la evaluación de la confiabilidad de los mismos. Por si fuera poco gran parte de la literatura existente en este medio aún suele ser compleja, dirigida muchas veces hacia los aspectos matemáticos de los análisis y por lo tanto suele ser de difícil comprensión para quienes se desenvuelven en el área biológica.
Por este motivo se creó el curso de Bioinformática: Computación Aplicada a la Biología Molecular, cuyo propósito es dar a conocer a los estudiantes del área biológica los aspectos fundamentales en los que se basa el análisis bioinformático de datos moleculares, particularmente de secuencias de DNA y de proteínas.
La creación de este curso se remonta al origen del programa de posgrado en Biomedicina y Biotecnología Molecular de la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas (IPN) el cual fue aprobado en el año 2001 y recibió a su primera generación de estudiantes en el 2002. Desde este año la materia se ha venido impartiendo regularmente cada semestre.
El curso está catalogado como práctico en la currícula de materias del programa de posgrado, sin embargo en realidad se ofrece como un curso teórico-práctico en el que se abordan tanto los aspectos biológicos involucrados en el análisis bioinformático, como también los fundamentos de los algoritmos en los que se basa el funcionamiento de los programas más populares, sin profundizar en sus aspectos técnicos o matemáticos y se da también un especial interés en la interpretación y evaluación de la confiabilidad de los resultados.
Para ello se asume que el alumno tiene preparación básica en bioquímica y biología molecular y es deseable que tenga conocimientos de estadística. También se asume que el alumno maneja aspectos básicos de computación, en particular sobre el uso del sistema operativo Windows, la manipulación de archivos y la ejecución de programas.
El curso no esta enfocado a la programación, ni se llevan a cabo demostraciones matemáticas rigurosas de los algoritmos. Sin embargo tener algún conocimiento de programación en algún lenguaje como Perl o C++ le permitiría al alumno explotar aún más las herramientas del curso.
Durante las sesiones prácticas se utilizan las bases de datos y programas de cómputo más importantes en el área de bioinformática y se abarcan aspectos tales como el alineamiento de secuencias, búsquedas en bases de datos, elaboración de árboles filogenéticos, predicción de la estructura de ácidos nucleicos y proteínas y la predicción de la estructura y función de los genes.
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Dirección: Escuela Nacional de Ciencias Biológicas-Instituto Politécnico Nacional Prolongación de Carpio y Plan de Ayala s/n Col Plutarco Elias Calles 11340 México D.F. |
Administrador:
Dr. Alfonso Méndez Tenorio email: amendezt@ipn.mx |
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